עם התקדש יום הקדוש ניגש מרן ראש הישיבה הגאון רבי מאיר צבי ברגמן לפני העמוד לתפילת 'כל נדרי'. התרגשות רבה אחזה בקרב המסתופפים בצלו של ראש הישיבה עת נשמע קולו בעת ברכת שהחיינו על קדושת היום כשהוא מאריך בברכה בכדי שהקהל יוכלו לענות אמן, כשקולו נשנק מדמעות של התרגשות. קודם תפילת מעריב נשא ראש הישיבה דברי התעוררות קצרים, להתעורר לתשובה, ועורר על כך שכל אדם חייב להתעורר שיהיו מעשיו לשם שמים, בנקיות ובלי נגיעות חיצוניות. במהלך תפילת מוסף בעת שיצא ראש הישיבה לכיוון חדרו, פגש ראש הישיבה בילד, ושאלו האם כבר 'שבר' את הצום כיון שהוא נראה חלוש מעט. משנענה על ידי הילד לשלילה, ביקש ראש הישיבה לקרוא לאבי הילד והורה לו לשים לב על בנו שיאכל מיד.
במהלך כל היום הקדוש שהה ראש הישיבה בהיכל בית מדרשו, כשבזמן ההפסקה בין תפילת מוסף לתפילת מנחה, שהה בחדרו שבבנין הישיבה. לתפילת נעילה ניגש ראש הישיבה לאמירת הקדיש, הנאמרת על ידו ברגש ובנוסח מיוחד. במהלך כל השנים נהג ראש הישיבה לגשת לאמירת כל סדר 'אבינו מלכינו' בקול, כשהקהל חוזר אחריו. השנה בעקבות חולשתו ניגש ראש הישיבה לאמירת 'אבינו מלכינו' רק כפי מה שנוהגים בשאר קהילות ישראל. במהלך תפילת נעילה משנוכח ראש הישיבה שהשעה מתאחרת, שלח להודיע לבעל תפילה שלא יאריך וישתדל לקצר לסיים בזמן, מפני טורח הציבור המתענים. לאחר הבדלה במעונו בירך ראש הישיבה הגרמ"צ את תלמידיו לפתקא טבא ואגוט יאר.
