משרד החינוך פרסם הבוקר (ה') הבהרה לעניין הטענות שהועלו נגדו בדבר הסתרת נתונים אודות "הכיתה הירוקה", ודחה את הטענות על הסף. "אנו מצרים עד הדרך הפופוליסטית שבחרו גורמים עלומים לפגוע באנשי המקצוע של המשרד, שעושים מלאכתם לילות כימים בתחום חשוב זה", כך נכתב בהודעה.
עוד נכתב כי נתוני התוכנית, שפועלת על ידי גורמי המקצוע של המשרד, חשופים באופן שקוף במערכות המידע המשותפות של שלושת המשרדים, בריאות, ביטחון וחינוך, וכי אלו מתעדכנים כל עת.
באשר לטענות העיקריות שהועלו נגד המשרד, הנוגעות להיעדר נתונים באשר לנוכחות תלמידים, נטען כי "מדובר בנתונים המתייחסים להיעדרות מבית הספר מסיבות שונות ומגוונות".
"יודגש, כי מראשית התכנית היה ידוע לכל המשתתפים בה, כי אין בנמצא מערכת מידע מרכזית וארצית אשר תקבל דיווח שוטף מתוך מערכות המידע של בתי הספר. לנוכח זאת, נתונים אלה לא היו זמינים. על אף זאת, משרד החינוך החל לפתח וסיים מערכת דיווח נוכחות לטובת ניטור 'הכיתה הירוקה'. המערכת עולה בימים אלה, והנתונים יונגשו באופן שקוף, מלא ומסודר כמו יתר הנתונים", הוסיפו.