משרד הבריאות מזהיר מפני זיהום במרבית נחלי הצפון: שניר, ירדן, ג'ילבון, יהודיה, זאכי, מג'רסה, בריכת המשושים, אל על, בניאס, צלמון, כזיב וגעתון. המשרד להגנת הסביבה לא מצא מקור זיהום ידוע ברוב הנחלים