התנועה לאיכות השלטון מתנגדים לועדת פגסוס. בפנייה לממשלה מטעמם נכתב: "אופן ההקמה של ועדת הבדיקה בפרשת פגסוס מעלה חשש כבד לשיבוש הליכים מתנהלים ולפגיעה בעצמאות מערכת אכיפת החוק"