שיעור העמידה ביעדים הלאומיים של בית החולים הכללי עומד על 100% ב-13 מדדים שונים, יותר מכל מרכז רפואי אחר. זאת ועוד, לפי דוח משרד הבריאות בית החולים לבריאות הנפש בשיבא ניצב במקום הראשון בישראל עם שיעור עמידה של 99.2% מכלל המדדים.
כמו כן, המרכז הרפואי שיבא הוא המרכז הרפואי הראשון בישראל שהחל לפרסם בעצמו מספר מדדי איכות באתר המרכז, וזאת כחלק ממדיניות של שקיפות כבר בשנת 2019.
מנהל המרכז הרפואי שיבא פרופ' יצחק קרייס, "המקום הראשון במדדי האיכות הלאומיים שייך לכל אחת ואחד מנשות ואנשי הצוות המסורים בשיבא. המטרה שלנו היא להעניק רפואה ציבורית מעולה לכל מי שזקוק לה. נשות ואנשי שיבא עושים זאת יום יום ובסטנדרט הגבוה ביותר בארץ ומהגבוהים בעולם. זוהי עדות נוספת המצטרפת לשרשרת ארוכה של עדויות למצוינותם האנושית והמקצועית שמצעידה את הארגון לפסגת הרפואה הלאומית והבינלאומית — ומביאה הישגים חדשים ונוספים משנה לשנה לטובת אזרחי ישראל״.
סמנכ״ל רפואה שיבא ד״ר יובל לוי, ״המרכז הרפואי שיבא משקיע מאמצים רבים בהבטחת איכות הטיפול, תוך שמירה על בטיחותם וכבודם של מטופלינו יחד עם דגש על חוויית האדם. תוצאות מדדי האיכות של השנה החולפת, המציבות את שיבא במקום הראשון מבין כל המרכזים הרפואיים בישראל מוכיחות שהמאמצים נושאים פרי. אני מודה לכל הצוותים העושים לילות כימים מתוך מסירות גדולה ומתוך מטרה שמטופלינו יקבלו את הטיפול המיטבי וידעו תמיד שהם בידיים טובות״.