ראש המוסד יוסי כהן שיגר היום (ראשון) באמצעות מנהלת לשכתו מכתב תגובה לפניה של התנועה לאיכות השלטון, בה הצהיר כי "אין קשר פוליטי בין ראש המוסד לראש הממשלה או מפלגת הליכוד. כל הפעולות נעשות אך ורק לשם שמירה על ביטחונם של מדינת ישראל ועם ישראל, ללא קשר לזהות העומד בראשות הממשלה".
מוקדם יותר היום דרשה התנועה לאיכות השלטון מראש המוסד להבהיר כי אין שחר לדברים וכי לא מתקיים בין ראש המוסד לנתניהו קשר פוליטי. "מדובר בצל כבד על כהונתך המוצלחת ורבת השנים, זה חילול קודש של ממש. דומה כי נחצה קו שחור אשר אסור שייחצה במדינת ישראל הדמוקרטית. כמי שעסק כל חייו הבוגרים בשמירה על בטחונה של מדינה יקרה זו, אנו סמוכים ובטוחים כי תדע לעשות גם בעת הזו את המעשה הנכון והראוי".
"עצם אמירתו של ראש הממשלה – אמירה מצערת אשר יש בה ולו רק לרמוז שמא מתקיימים יחסים פוליטיים בין ראש המוסד לבין ראש הממשלה – יש בה עד כדי חילול הקודש של ממש, ופגיעה חמורה ביותר ביכולתו של ארגון חשוב זה לפעול כמשרתו של הציבור במדינת ישראל", נכתב.
"נבקש כי תוציא באופן בהול הבהרה – בין אם בשמך, ובין אם בשם הארגון עליו אתה מפקד – לפיה אין ולא קיים כל קשר פוליטי בינך לבין ראש הממשלה או מפלגת הליכוד, וכי כל פעולותיך נעשות אך ורק לשם שמירה על בטחונה של מדינת ישראל ושל עם ישראל, וללא קשר לזהות העומד בראשות הממשלה", ציינו במכתב.
במהלך הראיון נשאל נתניהו מדוע החליט לא לערב את ראש המוסד בשיחות המתנהלות בימים אלו מול ארצות הברית והשיב כי "כהן אמור לעזוב את תפקידו בעוד חודשיים, בגלל זה הוא לא לוקח חלק בדיבורים מול ארצות הברית, כי אני רוצה המשכיות, אבל אני חושב על שילובו בהמשך. הוא יהיה תרומה גדולה מאוד לממשלה שאני אקים, אני אדע לנצל את יכולותיו ואני בהחלט אציע לו להצטרף".
למרות שנתניהו התייחס לשילוב של כהן בתפקיד מקצועי-מדיני, לאחר שייבחר מחדש לראשות הממשלה, גורמים פוליטיים אינטרסנטים בחרו לעוות את דברי נתניהו במטרה לפגוע בכהן והתייחסו לדברים כאילו ראש הממשלה הצהיר שימנה את כהן לשר. "אפילו במונחים של נתניהו, לערב ראש מוסד מכהן בקמפיין הבחירות שלו זו שבירה של כל כללי הממלכתיות. דבר לא קדוש כבר בעיני האיש", כתב לפיד בציוץ בטוויטר.