העולם היהודי בארץ ובתפוצות קיבל, בכאב וביגון רב את הבשורה המרה ובכל שכבות הציבור השתררה תחושת יתמות ואבל כבד.
כזכור, ראש הישיבה אושפז בבית חולים הדסה עין כרם לאחר תשעה באב, ומאז חלה הדרדרות במצבו והוא הורדם והונשם. בכל רחבי הארץ והעולם התפללו רבים לרפואתו השלמה, והרבנים אף הוסיפו לו את השם "חיים" כסגולה לרפואה, אך נגזרה הגזרה, ולדאבון כל לב הלילה (ראשון) בשעה 3:10 לפנות בוקר נצחו אראלים את המצוקים ונשמתו הטהורה של חכם שלום כהן זצוק"ל עלתה לכור מחצבתה, כשהיא מותירה את רבבות תלמידיו המומים ועטופי יגון.
עם היוודע הבשורה המרה, הוסרה הפרוכת בישיבת "פורת יוסף" בירושלים, בה כיהן כראש הישיבה במשך עשרות שנים, כשהוא משמש רועה ואב רוחני לאלפי תלמידיו.
מסע הלוויה יצא בשעה 14:00 בצהריים מישיבת "פורת יוסף" ברחוב יוסף בן מתתיהו, שם ינשאו ההספדים. ותמשיך לבית החיים סנהדריה, שם יטמן לצד רעייתו הרבנית יעל כהן ע"ה, שהייתה בתו של המקובל הגאון חכם מנצור בן שמעון זצוק"ל.
מסע הלוויה יעבור דרך הרחובות מלכי ישראל, ברנדס, ירמיהו, בר אילן ושמואל הנביא. מאות שוטרים יאבטחו את מסע הלוויה והציבור נקרא להישמע להוראות המשטרה.
חכם שלום כהן נולד בירושלים לאביו הרב אפרים כהן שהיה ראש ישיבת המקובלים"'עוז והדר" ששכנה בישיבת פורת יוסף בעיר העתיקה בירושלים. לאחר נישואיו התמנה כר"מ בישיבת פורת יוסף ויחד עם הרב שמעון בעדני הקים במרוצת השנים את סניף הישיבה בשכונת קטמון.
בשנת תשע"ד עם הסתלקותו של מנהיג עולם התורה הספרדי, מרן הראשון לציון הגאון רבי עובדיה יוסף זצ"ל נשיא מועצת חכמי התורה, מונה חכם שלום כהן זצ"ל לעמוד בראש הנהגת הציבור הספרדי, כשהוא מתווה דרך בהשקפה ומרים את קרנם של בני התורה הספרדים בנוסף להיותו ראש ישיבת "פורת יוסף" שבה העמיד דורות של תלמידים שהתחנכו לאורו, חכם שלום כהן זצ"ל היה ידוע בהשקפתו התקיפה בעניין גיוס בני הישיבות ולימודים אקדמיים במגזר החרדי, והתבטא רבות בנושאים אלו.
גם במערכת הפוליטית ספדו לנשיא מועצת חכמי התורה של ש"ס והעלו על נס את אישיותו המיוחדת ותרומתו לעולם היהודי בכלל וציבור הספרדי בפרט.
הרב אריה דרעי, שהיה מקורב במיוחד לרב כהן ספד לו בכאב ואמר "נצחו אראלים את המצוקים ונשבה ארון האלוקים. בלב מוכה הלם ויגון נסתלק מאיתנו בסערה השמימה, אבינו מורנו ומנהיגנו נשיא מועצת חכמי התורה, גדול הדור מרן חכם שלום כהן בן תופחא מלכה זצוק"ל. אוי לו לעולם שאבד מנהיגו ואוי לה לספינה שאבד קברניטה. ברוך דיין האמת"
תנועת "דגל התורה" פרסמה "יחד עם כל בית ישראל, מבכה את פטירתו של הגאון הגדול רבי חכם שלום כהן זצ"ל, ראש ישיבת פורת יוסף, ונשיא מועצת חכמי התורה. ומשתתפת בצערם של בני משפחתו הרוממה, תלמידיו הרבים ומוקירי זכרו. המקום ינחם אתכם בתוך שאר אבלי ציון וירושלים ומן השמיים תנוחמו"
יו"ר האופוזיציה בנימין נתניהו ספד אף הוא "אני דואב עמוקות עם המוני בית ישראל על פטירתו של נשיא מועצת חכמי התורה, הגאון חכם שלום כהן זכר צדיק לברכה. הרב כהן היה מענקי התורה של דורנו. הייתה בו בקיאות אדירה בעולם התורה, לצד מנהיגות תורנית וחברתית שהשפיעה על המוני יהודים וישראלים. עוד הוסיף "לאחר פטירתו של הראשון לציון הרב עובדיה יוסף זצ"ל המשיך הרב כהן את דרכו כנשיא מועצת חכמי התורה וכמגדלור הכל נשאו את עיניהם. הרב כהן היה תלמיד חכם עצום שלא הפסיק ללמוד וללמד, לשמור ולעשות. אהבת התורה פיעמה בו יחד עם אהבת העם. שר וגדול הסתלק מאיתנו. יהי זכרו ברוך".
נשיא המדינה יצחק הרצוג ספד ואמר: "אני אבל על לכתו מעימנו של ראש הישיבה הדגול חכם שלום כהן זצ"ל. לצד גדלותו בתורה, הוא היה מנהיג רוחני שהוביל בענווה ובצניעות ציבור גדול וחשוב בישראל ובעולם היהודי. נפגשנו פעמים רבות, וצר לי שהשנה לא אזכה לקיים המסורת ולבקר אותו בסוכתו"
שר הביטחון בני גנץ מסר: "נִצְּחוּ אֶרְאֶלִּים אֶת הַמְּצוּקִים. צער עמוק על מותו של חכם שלום כהן זצוק"ל, נשיא מועצת חכמי התורה. משתתף יחד עם כל אזרחי ישראל בצער משפחתו, אוהביו ומאמיניו. כל בית ישראל יבכו את השריפה אשר שרף השם".
יו"ר מפלגת העבודה שרת התחבורה מרב מיכאלי פרסמה "פטירתו של חכם שלום כהן היא אבדן גדול מאוד לקהל שנשא עיניים אל הרב, שהיה עבורם מנהיג, מורה דרך והלכה. בשעה קשה זו אני משתתפת בצער המשפחה ובצערם של רבות ורבים בציבור החרדי. משרד התחבורה נערך לשינויי התנועה בעקבות הלוויה כדי לאפשר הגעה ולחלוק כבוד אחרון לרב. יהי זכרו ברוך".
יו"ר הציונות הדתית ח"כ בצלאל סמוטריץ׳:"מצטער לפתוח את הבוקר עם הידיעה על הסתלקותו של ראש הישיבה חכם חיים שלום כהן זצוק"ל. לא זכיתי להכיר את הרב באופן אישי, אבל בשנים האחרונות שמעתי לא מעט מאריה דרעי על גדלותו בתורה, הרבצת התורה, הקפדתו על קלה כחמורה ומידותיו המיוחדות. משתתף בצערם של אלפי תלמידיו ושל חבריי בתנועת ש"ס".
ח"כ ישראל אייכלר מיהדות התורה ספד ואמר "יחד עם כל העולם היהודי אנו המומים וכואבים על הסתלקותו של מרן ראש הישיבה, חכם שלום כהן זצ"ל, פאר יהדות ספרד, מעתיק השמועה ומורה דרכה של תנועת ש"ס. חכם שלום כהן זצ"ל היה קשור בקשרי אהבה והערכה עם יבדלחט"א כ"ק מרן האדמו"ר מבעלזא שליט"א, ונהג להשתתף בשמחות נישואי צאצאיו. מה נעים היה המראה עת ישבו יחד גדולי הדור כשהם מביעים הערכה ואחדות איש לרעהו, בהארת פנים לבבית. עוד מימי נעוריו בישיבת "פורת יוסף" בעיר העתיקה, שקדנותו הייתה מופת לרבים, וסללה דרך ונתיבות בעולם התורה הספרדי שצעד לאורו. משמת חכם שלום בטלה השקדנות. מי יתן לנו תמורתו".
גם ראש העיר ירושלים משה ליאון כתב " יחד עם כל בית ישראל אני מבכה את הסתלקותו של גדול הדור מרן חכם שלום כהן זכר צדיק לברכה אשר הנחה את דרכה של תנועת ש"ס במשך שנים, והאיר את עולם התורה בשקדנותו ולמדנותו. זכיתי להיכנס לביתו פעמים רבות כדי להתייעץ ולהתברך בנושאים העומדים על הפרק ולקבל את עצותיו החכמות שניתנו תמיד במאור פנים. זכיתי גם לקבל את תמיכתו במערכות הבחירות בהם התמודדתי ודמותו וזכרו לא ימושו מליבי ומלב ירושלים כולה לעולם. ציון במר תבכה, ירושלים תיתן קולה, אוי מי ייתן לנו תמורתו".
